Η πρωτοβουλία της κατασκευής της γραμμής αυτής ανήκε στην Οθωμανική κυβέρνηση και ιδιαίτερα στο Υπουργείο του Πολέμου. Μετά από διαπραγματεύσεις μεταξύ της Οθωμανικής κυβερνήσεως και του Γάλλου τραπεζίτη R. Beaudouy, o οποίος εκπροσωπούσε διάφορους Γαλλοβελγικούς οίκους, όπου πλειοψηφούσε η Οθωμανική Τράπεζα (Banque Ottomane) , η Bank de Paris et des Pays Bas και ο ιδιωτικός οίκος χρηματοδότησης της Φρανκφούρτης Bethmann ως τρίτος εταίρος, εξεδόθη το από 10-9-1892 Αυτοκρατορικό Διάταγμα, με το οποίο εκχωρήθηκε στην συσταθείσα εταιρεία, το προνόμιο της κατασκευής και της εκμετάλλευσης μιας «ενωτικής» γραμμής που θα συνέδεε την Θεσσαλονίκη με το Δεδέ αγατς και την Κωνσταντινούπολη. Η συσταθείσα εταιρεία έφερε τον τίτλο «Chemin de fer de la Jonction Salonique – Constantinople”, η απλώς JSC.
Η Δεδέ αγατς υπήρχε στην αρχαιότητα με το αρχαίο όνομα Σάλη, η οποία ιδρύθηκε από τους Μαρωνίτες. Από τις πρώτες ημέρες της απελευθέρωσης της πόλης 14 Μαΐου 1920 οι αρμόδιες τοπικές Αρχές καθώς και η Ιερά Μητρόπολη, έλαβαν την απόφαση να μετονομάσουν την πόλη από Δεδέαγατς σε Νεάπολη, καθώς αποτελούσε ως τότε την νεότερη Ελληνική πόλη.Το 1920 όμως, ο βασιλιάς της Ελλάδας, Αλέξανδρος Α΄, επισκέφθηκε την πόλη και οι τοπικές αρχές αποφάσισαν να μετονομάσουν την πόλη σε Αλεξανδρούπολη, προς τιμήν του.
Η σκέψη της Οθωμανικής κυβερνήσεως ήταν ότι υπήρχε προβληματική συγκοινωνία της Κωνσταντινούπολης με την οθωμανική ενδοχώρα της Βαλκανικής χερσονήσου, επίσης και η μεγάλη στρατηγική αξία της γραμμής, ήταν οι λόγοι για τους οποίους προωθήθηκε η κατασκευή της γραμμής του ενωτικού σιδηροδρόμου JSC. Η στρατηγική της σημασία συνίστατο στο ότι μόνον μέσω αυτής ήταν δυνατόν να διακινηθούν, από την Κωνσταντινούπολη και από την Μικρά Ασία, προς την Θεσσαλονίκη, αλλά και προς το δυτικό άκρο της Αυτοκρατορίας, με ταχύτητα και ασφάλεια, στρατεύματα και εφόδια, σε περίπτωση πολέμου, αφού η Οθωμανική Αυτοκρατορία δεν είχε καταφέρει να ελέγχει τις θαλάσσιες οδούς, όπου το Ελληνικό Πολεμικό Ναυτικό είχε γίνει κυρίαρχο και ήταν επομένως σε θέση να παρεμποδίζει κάθε τέτοια μεταφορά δια θαλάσσης, όπως συνέβη και κατά την διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων 1912-13. Η στρατηγική αξία της γραμμής αποδείχτηκε πολύ σύντομα, στον ατυχή πόλεμο του 1897 κατά τον οποίο η Οθωμανική Αυτοκρατορία κατόρθωσε να μετακινήσει μεγάλο όγκο στρατευμάτων στο πεδίο των μαχών και έτσι να αποκτήσει πλεονέκτημα.
Δεν είναι τυχαίο λοιπόν ότι τον κύριο λόγο κατά την χάραξη της γραμμής τον είχε το Υπουργείο του Πολέμου της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και ότι η χάραξή της έγινε σύμφωνα με τα σχέδια και τις εισηγήσεις αξιωματικών του Οθωμανικού στρατού. Ο ενωτικός σιδηρόδρομος JSC ήταν τόσο από στρατιωτικής, όσο και από οικονομικής άποψης, ένας ενιαίος άξονας που συνέδεε την Κωνσταντινούπολη με την Θεσσαλονίκη και το Μοναστήρι, το ανατολικό δηλαδή με το δυτικό άκρο της Αυτοκρατορίας. Είναι χαρακτηριστικό ότι ο εγκάρσιος αυτός άξονας, σε πολλά σημεία ακολουθούσε την χάραξη της Ρωμαϊκής Εγνατίας οδού στρατού.
Η εταιρία ξεκίνησε με ονομαστικό κεφάλαιο 15 εκατομμυρίων γαλλικών φράγκων και την έκδοση ομολόγων για 50 εκατομμύρια γαλλικά φράγκα.
Η γραμμή άρχισε να κατασκευάζεται στις 2-6-1893. Στα μέσα του 1894 είχαν κατασκευασθεί τα πρώτα 211 χιλιόμετρα της γραμμής, μέχρι τον σταθμό του Νουσρετλή (Νικηφόρου). Στα τέλη του 1895 είχαν κατασκευασθεί 291 χιλιόμετρα και στο τέλος Μαρτίου 1896, όταν ξεκινούσαν οι Ολυμπιακοί αγώνες στην Αθήνα, παρεδόθη και το τελευταίο της τμήμα.
