Η ζωή του Κολοκοτρώνη κατά την περίοδο του πολέμου αλλά και ύστερα από την απελευθέρωση δεν κύλησε ομαλά. Το αδέκαστο του χαρακτήρα του, η παλικαριά του, το ανυποχώρητο μπρος στην τήρηση του σωστού και του δίκιου, η θαρραλέα στηλίτευση των ασχημιών και των εγωκεντρικών ενεργειών ορισμένων απ΄ το αρχοντολόϊ, δημιούργησαν αντιπάθεια και μίσος αυτών των κύκλων εναντίον του.
Υπέστη φυλακίσεις τόσο μεσούσης της Επανάστασης, το 1825, όσο κι απ΄ τους ξενόφερτους Βαυαρούς της Αντιβασιλείας που έφτασε να τον καταδικάσει και σε θάνατο, το 1833.
ΤΟ ΗΡΩΙΚΟ ΤΕΛΟΣ ΤΟΥ
Το Μάιο του 1835 μετά την ενηλικίωση του Όθωνα, έλαβε χάρη και αποφυλακίστηκε εξουθενωμένος από τις άθλιες συνθήκες της φυλακής και σχεδόν τυφλός.
Έζησε τα υπόλοιπα χρόνια του στην Αθήνα, τη νέα πρωτεύουσα της Ελλάδας. Γνώρισε τη γενική αναγνώριση για την προσφορά του στον Αγώνα και έλαβε το βαθμό του στρατηγού. Διορίστηκε σύμβουλος Επικρατείας, τιμήθηκε με το Μεγαλόσταυρο του Σωτήρος, ορίστηκε μέλος της επιτροπής για την ανέγερση του Πανεπιστημίου Αθηνών και στάθηκε πιστός σύμβουλος του Όθωνα.
Πέθανε στις 4 Φεβρουαρίου 1843 από εγκεφαλική συμφόρηση. Ετάφη στο Α’ Νεκροταφείο Αθηνών, φτωχός από υλικά αγαθά αλλά πλούσιος από την αγάπη του απλού λαού και ευτυχής που πρόλαβε να δει την πατρίδα του ελεύθερη. Στις 10 Οκτωβρίου 1930, τα οστά του μετακομίσθηκαν στο Μνημείο των Προκρίτων στην πλατεία Άρεως της Τρίπολης, για να τοποθετηθούν στις 25 Σεπτεμβρίου 1993, σε ειδική κρύπτη στη βάση του ανδριάντα του, που ανεγέρθηκε εκεί κοντά, με το εξής επίγραμμα χαραγμένο :
‘’ΕΦΙΠΠΟΣ ΧΩΡΕΙ ΓΕΝΝΑΙΕ ΣΤΡΑΤΗΓΕ ΑΝΑ ΤΟΥΣ ΑΙΩΝΑΣ ΔΙΔΑΣΚΩΝ ΤΟΥΣ ΛΑΟΥΣ ΠΩΣ ΟΙ ΔΟΥΛΟΙ ΓΙΝΟΝΤΑΙ ΕΛΕΥΘΕΡΟΙ’’
Επίσης : " Ο θεός έδωσε την υπογραφή του για την ελευθερία της Ελλάδας και δεν παίρνει πίσω την υπογραφή του ".